Laboratorium Diagnostyki Molekularnej

Skład zespołu.

prof. dr hab. n. farm Ewa Balcerczak: diagnosta laboratoryjny z doświadczeniem klinicznym w zakresie diagnostyki laboratoryjnej i molekularnej, specjalista Laboratoryjnej Diagnostyki Medycznej (2008), biolog molekularny i biochemik kliniczny

Absolwentka kierunku Analityka Medyczna Akademii Medycznej w Łodzi, stopień doktora uzyskany w roku 2003, w roku 2016 tytuł profesora. W latach 2011-2012 kierownik Oddziału Medycyny Laboratoryjnej, następnie w latach 2012-2016 prodziekan ds. Oddziału Medycyny Laboratoryjnej. W latach 2016-2019 pełnomocnik Rektora Uniwersytetu Medycznego w Łodzi ds. Specjalizacji dla Diagnostów Laboratoryjnych oraz w dziedzinach mających zastosowanie w ochronie zdrowia. Od roku 2019 pełni funkcję pełnomocnika Rektora ds. Kształcenia Podyplomowego. Jest członkiem prezydium Rady Nauk Farmaceutycznych. Od roku 2014 kierownik Katedry Diagnostyki Laboratoryjnej i Molekularnej wcześniej Katedry Międzywydziałowej

dr n. farm. Jacek Pietrzak: diagnosta laboratoryjny z doświadczeniem w pracy klinicznej w trakcie specjalizacji z laboratoryjnej diagnostyki medycznej. W pracy badawczej skupia się na ocenie zmian molekularnych zachodzących w przebiegu choroby nowotworowej. W szczególności enzymów proteolitycznych przebudowujących macierz zewnątrzkomórkową i ich udziału w progresji choroby. W pracy naukowej posługuje się metodami bazującymi na analizie materiału genetycznego: izolacja RNA lub DNA z krwi, tkanek stałych czy też innych materiałów biologicznych, analiza ekspresji genów z użyciem niespecyficznych barwników fluoroscencyjnych czy też sond molekularnych, analiza obecności mutacji w materiale genetycznym za pomocą oceny sekwencji fragmentu DNA. Prowadzi również badania na poziomie białek w postaci analizy Western Blot czy też ELISA. Dodatkowo prowadzi podstawową analizę statystyczną otrzymanych wyników i ich interpretację kliniczną.

dr n. farm. Dagmara Szmajda-Krygier: diagnosta laboratoryjny, biolog molekularny. W swojej pracy badawczej skupia się na ocenie zmian molekularnych zachodzących w przebiegu nowotworów hematologicznych, a także w innych chorobach nienowotworowych. Obecnie zaangażowana jest w projekt oceniający status genów kodujących transportery błonowe wśród pacjentów ze schyłkową niewydolnością nerek poddawanych hemodializom. W swoich badaniach wykorzystuje techniki, takie jak: izolacja kwasów nukleinowych z różnych materiałów biologicznych, jakościowa oraz ilościowa ocena ekspresji genów z użyciem niespecyficznych barwników fluoroscencyjnych oraz sond molekularnych, analiza polimorfizmów lub mutacji w oparciu o metody PCR i sekwencjonowanie, elektroforeza oraz wysokosprawna chromatografia cieczowa (HPLC). Dodatkowo interesuje się analizą statystyczną, analizą baz danych oraz graficznym przedstawieniem wyników badań w formie rycin, grafów i wykresów.

dr n. farm. Rafał Świechowski: diagnosta laboratoryjny z doświadczeniem w pracy klinicznej w zakresie badania niepłodności. W pracy badawczej skupia się na analizie zmian molekularnych zachodzących w przebiegu chorób nowotworowych takich jak: rak jelita grubego, rak płuca, rak żołądka. Obecnie zaangażowany jest w ocenę wpływu zmian w szlaku sygnałowym Pi3k/Akt na stopień zaawansowania raka jelita grubego. Podczas przygotowywania rozprawy doktorskiej zajmował się tematem depresji lekoopornej, gdzie oceniał wpływ polimorfizmów oraz ekspresji genów kodujących enzymy CYP na stopień zaawansowania choroby oraz skuteczność farmakoterapii. W pracy badawczej posługuje się następującymi technikami: izolacja kwasów nukleinowych z różnych materiałów, analiza ekspresji genów metodą qPCR, analiza polimorfizmów/mutacji z wykorzystaniem enzymów restrykcyjnych lub technik sekwencjonowania, ELISA.

mgr Agnieszka Wosiak – diagnosta laboratoryjny z doświadczeniem. W pracy badawczej skupia się na ocenie zmian molekularnych zachodzących w przebiegu chorób nowotworowych, m.in. raku jelita grubego, raku płuca. Aktualnie zajmuje się analizą wpływu zmian w genach zaangażowanych w szlak sygnałowy TGFB na rozwój i progresję raka jelita grubego. W pracy wykorzystuje różne techniki: izolacja kwasów nukleinowych z różnych materiałów biologicznych, analiza ekspresji genów z wykorzystaniem niespecyficznych barwników fluorescencyjnych typu SYBR GREEN, czy sond molekularnych, analiza wariantów polimorficznych i mutacji z użyciem metody RFLP lub sekwencjonowania, analiza na poziomie białek z użyciem technik Western Blot i ELISA, analizy wymagające prowadzenia hodowli komórkowej oparte o testy cytotoksyczności, ocenę żywotności komórek i innych zmian zachodzących w ich obrębie z użyciem cytometru przepływowego.

dr n. farm. Agnieszka Jeleń, diagnosta laboratoryjny, biolog molekularny

Jej główne zainteresowania oraz prace badawcze dotyczą poszukiwania czynników molekularnych związanych z rozwojem zaburzeń nastroju i chorób nowotworowych a także zagadnień z zakresu farmakogenetyki w psychiatrii i onkologii. W ramach współpracy naukowej wykorzystuje także techniki biologii molekularnej do identyfikacji czynników wpływających na ekspresję genów zaangażowanych w szlaki biosyntezy substancji aktywnych u roślin. W swoich badaniach wykorzystuje metody izolacji kwasów nukleinowych, elektroforezy, jakościowej i ilościowej analizy ekspresji genów oraz genotypowania technikami opartymi o reakcję PCR oraz sekwencjonowanie.

dr n. farm. Marta Żebrowska-Nawrocka, diagnosta laboratoryjny z doświadczeniem klinicznym oraz w badaniach molekularnych. Specjalista Laboratoryjnej Diagnostyki Medycznej. W pracy badawczej skupia się na ocenie zmian molekularnych potencjalnie związanych z ryzykiem rozwoju bądź będących nowym celem terapeutycznym w chorób o podłożu zapalnym (jak choroba wrzodowa żołądka) oraz nowotworów (np. rak żołądka, rak płuca). W pracy naukowej posługuje się różnymi metodami: izolacja kwasów nukleinowych, jakościowa i ilościowa ocena ekspresji genów, genotypowanie różnymi technikami bazującymi na reakcji PCR oraz sekwencjonowanie, elektroforeza, ELISA.

mgr Beata Ziętara, chemik. Obecnie jest zaangażowana w realizację projektów naukowo-badawczych w jednostce, wspierając ich przebieg pod względem technicznym. Swoją wiedzę, umiejętności i doświadczenie poszerza o zastosowanie efektywnych narzędzi i praktyk z zakresu funkcjonowania nowoczesnego laboratorium. Sprawuje nadzór techniczny nad sprzętem laboratoryjnym i aparaturą badawczą. Przygotowuje materiały i odczynniki, prowadzi ich rejestr oraz realizuje bieżące zapotrzebowanie na ich zakup. Nawiązuje kontakty z firmami z branży medycznej, chemicznej, sprzętu laboratoryjnego, bierze udział w szkoleniach, webinarach w celu poszerzenia wiedzy z tego obszaru.
.

Aparatura jaką dysponuje laboratorium

(opis techniczny pokazujący możliwości urządzenia w kontekście wykonywanych oznaczeń)

Sekwenator kapilarny Genetic Analyser 3500

• System w pełni zautomatyzowany pracujący w oparciu o techniki elektroforezy kapilarnej i detekcji fluorescencyjnej
• Sekwencjowanie techniką Sangera o bardzo wysokiej dokładności (metoda złotego standardu)
• System 8- kapilarny, zapewniający możliwość analizy 8 prób jednocześnie
• Możliwość analizy różnej długości fragmentów DNA (do 1200 pz)
• Szybki czas analizy: 30 minut dla prób do 300 pz
• Możliwość wykonania reakcji z 96 dołkowych płytek bądź 8 dołkowych stripów
• Ustalanie kolejności pobieranych do analizy prób z płytki 96 dołkowej
• Wysoki poziom multipleksacji poprzez możliwość oceny 6 różnych sygnałów fluorescencyjnych w jednej kapilarze
• Wysoka wszechstronność systemu dająca możliwość stosowania tych samych polimerów i kapilar do różnego typu oznaczeń
• W przypadku wymagających procedur, możliwość zastosowania kapilar o różnej oraz polimerów o różnych właściwościach
• Możliwość stosowania wielu różnych zestawów do sekwencjonowania (do matryc krótkich, do matryc długich, matryc bogatych w pary GC, matryc bogatych w pary AT)
• Możliwość sekwencjonowania oraz analizy długości fragmentów DNA z prób umieszczonych na tej samej płytce

Aparat do elektroforezy dwukierunkowej – system ZOOM® IPGRunner™

Metoda zapewnia profilowanie w wysokiej rozdzielczości białek pochodzących ze złożonych prób, pozyskanych z hodowli bakterii i drożdży, preparatów tkanek ludzkich, zwierzęcych i roślinnych po ich uprzednim właściwym przygotowaniu.

• Możliwość rozdziału białek w 12 próbach jednocześnie (2 kasety po 6 prób każda)
• W ogniskowaniu izoelektrycznym – komercyjne paski żelowe z gradientem pH o szerszym (3-10; 4-7; 6-10; 9-12) lub węższym (4,5-5,5; 5,3-6,3; 6,1-7,1) zakresie, do separacji ściśle określonych białek
• W rozdziale prowadzonym według masy cząsteczkowej białek – poliakrylamidowe żele denaturujące (SDS-PAGE)
• Wizualizacja rozdzielonych dwukierunkowo białek przy zastosowaniu wybranej metody np. barwienie błękitem Coomassie
• Możliwość odzyskiwania rozdzielonych białek z pasków żelowych i możliwość ekstrahowania ich celem identyfikacji za pomocą spektrometrii mas

Aparat do real time PCR Typ: Quant Studio 5DX

Obecność filtrów umożliwiających detekcję następujących barwników: FAM™/SYBR™ Green,VIC™/JOE™/HEX™/TET™, ABY™/NED™/TAMRA™/Cy™3, JUN™, ROX™/TexasRed™, Mustang Purple™, Cy5™/LIZ™, CY™5.5 dye

Czułość do 1 kopii materiału genetycznego

Możliwość wykonania reakcji multiplex z wykorzystaniem 5 barwników i jednego referencyjnego bądź 6 barwników bez referencyjnego

Możliwość zastosowania barwnika ROX™ jako barwnika referencyjnego

6 kanałów emisyjnych /wzbudzających (450-670 nm/500-720 nm)

Maksymalna szybkość przyrostu temperatury bloku cieplnego 6.5°C/sec

Średnia szybkość przyrostu temperatury próbki 3.66°C/sec

Niezależne strefy temperatur 6 stref VeriFlex™

Możliwość pracy na odczynnikach standardowych i o skróconym czasie reakcji

Certyfikat CE do diagnostyki in vitro (CE-IVD) 

System chromatograficzny Nexera X3 z autosamplerem, detektorem PDA oraz kolektorem frakcji

Chromatograf do badania, oczyszczania i identyfikacji substancji w materiale ludzkim, o budowie modułowej wyposażony w:

• pompę dwutłokową z wbudowaną funkcją walidacyjną, z dynamicznym mieszalnikiem gradientu po stronie wysokiego ciśnienia oraz z degazerem, maksymalne ciśnienie pompy 1300 barów
• autosampler z możliwością programowania nastrzyku, wstępnej obróbki próby wraz z funkcją termostatowania (od 4 do 45°C) oraz derywatyzacji,
• piec do kolumn, umożliwiający programowanie temperatury w czasie rozdziału, w zakresie regulacji temperatury do 85°C w krokach co 1°C, może pomieścić co najmniej 6 kolumn o długości 100 mm lub 3 kolumny o długości 300 mm
• detektor diodowy (PDA) UV/VIS o wysokiej rozdzielczości, czułości oraz stabilności, o zmiennej długości fali w zakresie 190-700 nm, wraz z termostatowaną lampą, celą detektora i optyką, z funkcją zbierania widma 3D, odcinania szkodliwych długości fali oraz dekonwolucji
• kolektor frakcji, kompatybilny z wieloma statywami odpowiadającymi zamierzonej objętości frakcji. umożliwiający zbieranie w czasie oraz objętości (od 0,02 mL)

.

Oferta badań

1. Sekwencjonowanie:
   • wybranych obszarów genów stanowiących czynniki predysponujące do rozwoju jednostek chorobowych
   • wybranych genów/eksonów w celu podjęcia decyzji o wdrożeniu/odstąpieniu terapii celowanej
   • genów związanych  z indukcją mechanizmów oporności lekowej
   • w celu analiz porównawczych w epidemiologii zakażeń. Identyfikacja nowych wariantów/typów czynników zakaźnych.
   • w celu tworzenia bibliotek  do analiz porównawczych w wybranych jednostkach chorobowych
2. Ocena poziomów ekspresji wybranych genów, analizy porównawcze. Ocena ilości kopii.
3. Poszukiwanie i analiza wybranych czynników w materiale biologicznym techniką HPLC
4. Selekcjonowanie wstępne czynników w wybranych jednostkach chorobowych techniką elektroforezy 2D